有料になってどうしようかなーと思ってたらSenebierとかいう似たコンセプトのソフトを見つけたんでインストールしてみようと思ってWitchをアンインストールしようとして。アプリケーションフォルダにない。はて、どうやるんだろうかと思ったので覚書。
たぶんアプリケーションフォルダじゃなくてシステム環境設定パネルにインストール（表示）されるアプリの削除はこんな感じっぽい。

WitchのForumにあったのですけどね。
http://help.manytricks.com/index.php/topic,143.0.html

First open System Preference, go to the Witch preference pane, uncheck the "Enable Witch" block, quit System Preferences, then go to either the main /Library/PreferencePanes folder or the /Users/XXXXX/Library/PreferencePanes folder (or both) and trash the Witch preference pane file. That's it.

ということでTerminalより

$ cd /Library/PreferencePanes/
$ rm -rf Witch..prefPane

で、再起動。

終了です。
簡単ですね。
waybacmacさんありがとう！